雖然數字出版業發展勢頭持續強勁，但作為一個新興產業，數字出版發展并非一路坦途。傳統出版數字化步伐較慢、數字出版人才匱乏、數字版權意識淡薄等困擾數字出版多年的瓶頸依舊存在，而伴隨新變化、新發展，也不斷有新問題出現。
從企業角度來看。絕大多數數字出版企業集中在建立數字出版小平臺和既有內容數字化兩個方面，傳統出版數字化轉型遭遇到數字產品形態單一，生產與市場需要之間差距較大，數字出版收入在出版單位總收入中所占比例不高、投入與產出較低等問題。
從產業角度來看。企業在核心技術研發創新能力上嚴重不足，數字硬件產品同質化現象嚴重，在生產環節上，又陷入代工、仿制、拼成本的落后模式；而少數已處于領先地位的數字出版技術，又存在著商業化應用開發嚴重不足的現象。如何進行技術創新，并賦予尖端技術廣泛的商用價值，成為業界需要認真研究的新課題。
從發展環境來看。近年來隨著谷歌、微軟、雅虎等國外大型IT公司相繼介入數字出版領域，蘋果、亞馬遜等數字出版巨頭向產業鏈上下游擴張，培生、企鵝、愛思唯爾等跨國出版集團，數字化轉型成效斐然，對中國市場“虎視眈眈”，國內數字出版企業面臨極大的壓力。面對來勢洶洶的境外大軍，我國數字出版企業能否應對、如何應對成為迫在眉睫的一大挑戰。
從管理角度來看。現有的相關法律法規和監管手段已顯示出其疏漏與不足；在傳統出版單位內部，雖然建立了數字出版生產部門，但卻依然延用舊模式來管理新業態，管理體制機制陳舊；在學術界，依然沿用舊的傳播學范式來研究數字出版新課題。
