食品包裝機械存在的主要問題有：
與國外產品的差距大。我國食品包裝機械近幾年來取得了很大的成績，但與國外產品相比仍存在20年的技術差距。單機多，成套少;主機多，輔機少;技術含量低的產品多，高技術、高附加值、高生產率的產品少;通用機型多，特殊要求、特殊物料加工的機型少。
機械產品的質量差距主要表現在：
穩定性和可靠性差、造型落后、外觀粗糙、基礎件和配套件壽命短、無故障運行時間短，絕大多數產品還沒有制定可靠性標準，產品性能與國外同類產品相比，生產能力低、能耗高。較好的產品小時生產能力僅是國外先進水平的1/2，能耗成倍地高于國外先進產品水平。目前我國的食品和包裝機械只有5%達到國外上個世紀90年代水平，20%達到國外80年代水平，還有60%才達到國外上世紀70年代的水平。科研開發能力低。
我國絕大多數食品加工和包裝機械制造企業屬于中小企業，基本上不具備自主研發能力。由于科研投入不足，研究院所和高等院校的實驗條件不完善，造成我國市場上的產品主要還是仿制、測繪或稍加改造的國產化，產業主體技術依靠國外，有自主知識產權的產品少。根據規定，技術開發投入可占銷售收入的3%，但大多數企業投入的資金都很少，無法保證新產品、新技術的開發。產品開發缺少創新，開發手段落后，不能緊跟市場需求及時提供產品。
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