薄膜柔印水性油墨在應用中有四個問題是必須要注意的。
目前包裝印刷業使用的薄膜有極性與非極性兩大類，因此針對不同極性的薄膜選用不同的柔印水性油墨是必不可少的。
前幾年，當凹印油墨從苯類溶劑向非苯類溶劑過渡時，業內曾經有過一個爭議：究竟是開發一種可以適應所有薄膜的油墨為好，還是針對不同極性的薄膜開發不同的油墨為好?前一種方案可以歸納并減少油墨品種，使用戶積壓的殘墨最少，這樣可以節約油墨庫存。后一種方案的不同油墨有不同的價格，針對不同薄膜可以用價格最合理的油墨，可以節約油墨成本。后一種方案其實還牽涉到包裝印刷企業的產品競價和市場爭奪，筆者是支持后一種方案的。這個觀點同樣也適合于柔印水性油墨。
柔印水性油墨在薄膜表面附著，要求薄膜表面張力在38mN/m以上，若薄膜表面張力不達標，必須事先對薄膜進行電暈處理，或底涂合適的涂層以改變薄膜本身的性能。
在已經處理過的薄膜表面印刷，若要油墨的附著力高，必須要符合三個條件。一是水性乳液的樹脂特性必須與薄膜特性相近，水性油墨在轉移到薄膜上的瞬間，應該對薄膜有一個微溶階段。就像溶劑型油墨在薄膜上的附著一樣，油墨同薄膜相似相近而達到相溶，符合溶解性第一特點：極性相近原理。微溶階段其實就是在薄膜表面建立錨固點，建立墨膜可以附著其上的根基。二是墨膜在薄膜表面的潤濕，這種潤濕能力越強，錨固點越多。三是細密而堅固的墨膜，將各錨固點有效連接。
因此，選用不同的水性乳液，以應對不同特性的薄膜，及維持最低的油墨成本。除非各種水性乳液的價格相同，才可能采用同一水性乳液應對各種薄膜。
國內油墨行業有一個行業標準，要求油墨干燥后墨膜的表面張力大于38mN/m，這是為保證油墨疊色率建立的一個重要基石。多色印刷中后一色墨在前一墨膜上的相疊，光油在墨膜上的相疊，均離不開這個基石。檢測這個數據的方法比較簡單，一支電暈筆即可;但改善這項性能還需從水性油墨配方著手，這是大意不得的。
UV油墨的回收很容易，但若改為價格便宜許多的柔印水性油墨，生產中就需注意及時回收和儲存。墨槽需涂布特氟龍，清理時不使其黏附油墨，避免浪費。
不管網紋輥與版輥的速度差異如何，UV油墨印刷中是沒有鬼影的。而柔印水性油墨與柔印溶劑型油墨一樣，若網紋輥與版輥在速度配合上有異，很有可能會產生鬼影。因此，在生產中需要加以預防。
用柔印水性油墨挑戰柔印UV油墨，這在降低產品成本方面對包裝印刷業有著極大的誘惑。這個方案在國外已有成功的案例：美國柔印標簽業大部分都采用水性油墨，而不是UV油墨，成本大幅度下降了，操作人員也沒有感到很大的不方便。但是由于美國印刷業的產品質量在我們國內同行中的口碑并不好，國內印刷業對采用這一方案始終舉棋不定。其實如果具體地對柔印水性油墨與UV油墨逐一比較，我們就會發現，柔印水性油墨還是存在許多勝出空間的，關鍵在于其性能的改善和油墨配方的調整。衷心地希望國內油墨界能早日攻克這一難關，消除印刷界對柔印水性油墨的質疑，推動其在薄膜印刷中的應用。
