無菌包裝材料一般有金屬罐、玻璃瓶、塑料容器、復合罐、紙基復合材料、多層復合軟包裝等幾種。
　　金屬罐
　　無菌包裝使用最早的包裝材料之一，主要分馬口鐵罐和鋁罐兩種，目前世界上金屬罐無菌包裝的最先進的典型代表是美國的多爾無菌裝灌系統。多爾系統所采用的金屬罐殺菌方法是干熱殺菌，即采用高溫過熱蒸汽來殺菌，當空罐在輸送鏈上通過殺菌室時，過熱蒸汽車上下噴射45秒鐘，這時罐溫上升到221－224℃，罐蓋也采用287－316℃的過熱蒸汽殺菌75－90s，這些溫度足以殺滅全部的耐熱細菌。該灌裝系統的特點是：所有容器和設備均采用過熱蒸汽殺菌，無菌程度高；罐頭內部頂隙殘留空氣極少，幾乎處于高真空狀態，產品的質量安全可靠。
　　玻璃瓶
　　隨著制造技術的發展，近年出現了輕量強化玻璃瓶，該技術的發展大大提高了玻璃瓶的耐熱沖擊性，大大推動了無菌包裝技術的應用。我們可以采用飽和蒸汽對該玻璃瓶進行殺菌，接著進行灌裝和壓蓋。殺菌時，溫度為154℃，時間為1.5秒。
　　塑料容器
　　塑料是無菌包裝中發展最快應用最廣泛的材料，具有成本較低，形狀多樣化，機械適應性強等特點，近年來隨著塑料薄膜的共擠復合以及容器成形技術的不斷發展，塑料將成為無菌包裝材料的主角。對于塑料包裝材料的要求主要是具有對食品的保護保存性、適應流通的機械強度、包裝機的適應性以及商品性等，尤其要求對氧氣和水蒸汽有較高的阻隔性，因此當前世界各國所采用的無菌塑料材料主要是復合薄膜。
　　復合罐
　　一般是由兩種以上材料組成的三片罐，即底和蓋用金屬罐，身用鋁箔、紙板或聚丙烯等材料制成。復合罐具有印刷裝潢效果好，成本低，質量輕，處理方便而不造成公害等優點，但復合罐的氣密性比金屬罐差，耐熱性也差。
　　由于復合罐的耐熱性較差，因此一般采用127℃左右的熱空氣殺菌，果汁在93℃以上溫度殺菌后冷卻到80℃進行熱罐裝，在灌裝和密封區都采用無菌空氣來保持正壓，以防細菌污染。復合罐僅限于灌裝高酸性的果汁這種低溫和高酸性的條件下。
　　紙基復合材料
　　紙基復合材料容器是由紙、聚乙烯、鋁箔等多種材料組成，西歐各國的無菌包裝較多采用這類容器，尤以瑞典的利樂包裝公司生產的無菌磚形盒、菱形袋為典型。這種厚約0.35mm的復合材料由8層材料構成，對氧氣和水蒸汽的阻閉性極佳，而且印刷裝飾效果也很好，飲用方便，產品的貨架期長，是飲料無菌包裝的理想材料。
　　紙容器的滅菌是采用過氧化氫與加熱相結合的方法。先將包裝材料經過過氧化氫水浴，然后在灌裝時在進料管部位采用管形加熱元件，使其間空氣溫度高達430℃，使紙表面的過氧化氫液膜迅速分解成水和新生態氧，這種氧具有極強的殺菌能力，使容器達到無菌的要求。
　　以德國PKL生產的康美盒為例，它是一種6層結構的復合軟包裝材料。最外層為聚乙烯，然后依次是白紙板、聚乙烯、鋁箔、粘結層，最里層也是聚乙烯，采用白板紙代替牛皮紙作為基襯，使得紙盒的剛性大大加強。
　　新的無菌包裝材料
　　納米抗菌包裝材料是近幾年來剛剛興起的新的無菌包裝材料，它運用納米技術對純天然的基礎材料進行改造，使之發揮出驚人的殺菌效果。抗菌、無菌包裝能使菌體變性或沉淀，一旦遇到水，便會對細菌發揮更強的殺傷力，且吸附能力強，滲透力也很強，多次洗滌后也還有較強的抗菌作用。